2001年9月12日，即“9·11”袭击次日，时任以色列前总理内塔尼亚胡在接受《纽约时报》采访时表示，袭击对美以关系“非常好”，并称“你们的敌人和我们的敌人是同一类”。他随后修正说，袭击将“立即产生同情”，加强两国纽带，因为美国“经历了一次大规模的恐怖主义大出血”。
然而，十年后，内塔尼亚胡在同一名记者面前透露了当年未公开的担忧。据《大西洋月刊》2011年文章披露，内塔尼亚胡曾反问：“我想知道美国人民会不会因此责怪我们？”他清楚基地组织袭击美国的动机——美国支持以色列对巴勒斯坦和黎巴嫩的无情暴力。
分析指出，内塔尼亚胡深知美国在中东的政策是反美情绪的根源，包括克林顿政府应以色列要求驻军沙特、提供F-16等武器。本·拉登在1996年宣战书中明确将美国支持以色列列为袭击理由。更有证据显示，19名劫机者中11人曾在1990年代被美国支持用于对抗塞尔维亚和俄罗斯，形成“反冲”效应。
