大陆海警船金门强行临检后，岛对面开始有些慌了，台地区行政机构负责人陈建仁接受采访时表示，希望两岸采取理性、对等、且相互合作的方式，来维持金厦海域的安全，让两岸民众健康有序交流，当所谓非法、三无船只进入相关海域时，双方海警应该加以禁止。

不过，对于这种说法，国台办已经明确表示，根本不存在所谓“禁止、限制水域”一说。对此有分析认为，目前大陆海警已在金门建立绝对优势，硬碰硬台湾地区绝对不是对手。而借此机会，大陆也实现了对金门海域的实质性掌控。