随着全国科技体制改革的深入推进，该所在1999年转变为地方化管理，归属于重庆市科委（现已为市科技局）。至2003年，通过整合重庆市计算机技术研究所，该所进一步壮大，并最终成为重庆市科学技术研究院的一部分。近年来，随着业务的扩展和发展的需要，该所搬迁至重庆市渝北区高新园黄山大道中段杨柳路2号的新址。
如今，重庆工业自动化仪表研究所已经成为了重庆市乃至全国的科研重要力量，其科研成果和技术创新不断推动着工业自动化仪表领域的发展。
然而，位于北碚施家梁的旧址虽然逐渐费弃，但仍然承载着许多人的记忆。家属楼里曾是科研人员们曾经的温馨家园，而那座被围挡封闭的礼堂，更是见证了该所的许多重要时刻。岁月在墙上留下了痕迹，但那些记忆和历史却永远铭刻在每一个人的心中。
