1. 行政：总统是国家元首、政府首脑兼三军统帅，全民直选，任期6年不得连任；副总统单独选举，常出现正副总统分属不同派系，内耗严重。总统组建内阁，手握行政大权。
2. 立法：两院国会，参议院24人，掌握条约审批、弹劾权；众议院主导预算与提案，席位多被地方大家族把控。
3. 司法：最高法院拥有违宪审查权，名义独立，法官任免受总统和国会影响。
实际运行有个特点：1. 多党制形同虚设，家族寡头政治是核心，全国政坛被世袭政治世家垄断，选举靠资金、宗族票仓，腐败普遍。
2. 地方高度自治，南部棉兰老有穆斯林自治区，分离问题突出，地方长官权力极大，中央管控力弱。
3. 军方禁止干政，但历次政权更迭都由军方态度决定，是政局关键压舱石。
4. 外交深度绑定美国，内政外交易受外部干预。
菲律宾目前局势走向将会是短期马科斯、杜特尔特两大派系持续博弈，弹劾、口水战不断，但军方维稳，不会发生政变；中长期家族势力牢不可破，制度难改革，政策摇摆、治理低效将成为常态，外交立场随国内派系斗争反复变动。