1937年“七七事变”爆发后，北平的局势急转直下，梁思成当时正和林徽因在山西五台山做古建考察。
收到战事消息后，他们匆忙赶回北平。到了7月28日，日军已经兵临城下。林徽因当时的心情，从她后来给女儿梁再冰的信中可见一斑。林徽因在信中写道：“如果日本人要来占北平，我们都愿意打仗……我觉得现在我们做中国人应该要顶勇敢，什么都不怕，什么都顶有决心才好。”
北平沦陷后，梁思成收到了“东亚共荣协会”的请柬。这是一个日本人操控的文化组织，企图拉拢北平的文化名人。梁思成和林徽因几乎没有商量，当天就开始收拾行李。
9月5日，一家五口——梁思成、林徽因、林母何雪媛、梁再冰、梁从诫——离开了北平。
这一走，就是九年。
那一年，林徽因33岁，梁思成36岁。

他们逃亡的第一站是长沙。他们在火车站附近租了两间房子，还没来得及安顿，11月24日，日本飞机就来了。第一次空袭，炸弹落在附近，房子塌了一半，一家人在墙根下侥幸躲过。
有人后来问林徽因怕不怕，她说了一句意味深长的话：我恨日本人，但也恨我们自己——恨我们自己为什么没有足够的力量。
到了1937年12月，南京陷落的消息传来，长沙也不安全了，梁思成一家决定继续向西南转移，目的地是昆明。
这一趟路程，用梁从诫的话说，是“一次充满了苦难的漫长旅行”。他们先坐汽车到湘西晃县，在那里等车时，林徽因得了急性肺炎，高烧不退，倒在了一个肮脏的小客栈里。晃县小城缺医少药，梁思成急得到处寻找，最后在客栈里遇到一位同路的女医生，弄到了药，才算捡回了一条命。
从晃县到贵阳，从贵阳到昆明，这一路上他们什么交通工具都用过，梁从诫后来描述那段经历，说有一回车差点翻下悬崖，半个轮子已经悬空了，所有人都尖叫起来，司机猛打方向盘才把车救了回来。这种与死亡擦肩而过的经历，在那条路上不是特例，而是常态。

1938年1月，他们终于到达昆明，情况依然很艰难。通货膨胀让物价飞涨，梁思成在营造学社的薪水根本不够用。为了维持生计，林徽因不得不亲自操持一家人的家务。
在昆明的日子虽然清苦，但至少还能维持基本的生活和学术工作，梁思成带着营造学社的人继续调查云南的古建筑，林徽因也尽力参与其中。
那是他们逃难以来难得的平静时刻，但这种平静没有持续太久。
1940年，日军逼近云南，昆明也不再安全，与此同时，与营造学社关系密切的中央研究院史语所决定迁往四川南溪的李庄，营造学社也一同随迁。

李庄，是抗战期间梁家人苦难最深重的地方，也是他们的精神气节展现得最为充分的地方。
营造学社从昆明搬到李庄，路程极其艰难。考察记录和书籍资料装了满满几大箱，一路上全靠人挑马驮。更让人揪心的是，到达李庄不久，林徽因的肺结核急剧恶化。梁从诫清楚地记得，母亲完全病倒了，躺在床上高烧不止，而李庄只是长江边上的一个偏僻小镇，镇上连个像样的医生都没有。没有抗生素，没有对症的药品，梁思成只能自己学着给林徽因打针，从静脉注射葡萄糖，用的是一套最简陋的器具。
费慰梅在回忆录中记述，林徽因在李庄的时候，瘦得只剩一把骨头。没有药品，没有营养，冬天屋子里冷得像冰窖。梁再冰后来对采访者说，那时候他们家里最珍贵的东西是一小罐奶粉，是朋友从重庆辗转带过来的，只有在妈妈实在撑不住的时候才舍得冲一小杯。但就是在这样的条件下，林徽因和梁思成依然没有停止工作。
梁思成开始撰写《中国建筑史》，林徽因靠在病床上帮他查阅文献、整理资料。这部后来成为中国建筑学奠基之作的巨著，有很大一部分就是在李庄那间漏风漏雨的农舍里完成的。林徽因自己也承担了书中部分章节的撰写，还校阅了全部书稿。

最能体现林徽因精神面貌的，是她这一时期写给费慰梅的信。她在信中提到儿子梁从诫的时候写道：“宝宝常问，妈妈，如果日本人打到李庄来，怎么办？我说，那我们也不跑，中国读书人总还有一条后路，我们家门口不就是扬子江吗？”
费正清到李庄看望他们之后，在《费正清对华回忆录》中写道：“思成和徽因是我在中国见到的最能忍受苦难的人。他们的房子破旧不堪，徽因病得几乎不能起身，但他们的精神却丝毫没有萎靡。思成的《中国建筑史》就是在这样难以想象的困境中写出来的。我离开李庄的时候，徽因靠在床上，笑着对我说：‘告诉美国人，中国人不会投降，虽然我们住得像个乞丐。’”费正清在回忆录里反复提到，林徽因说这番话的时候，脸上带着一种他从未在任何人脸上见过的光。

抗战胜利的消息传到李庄是1945年8月。
梁从诫记得，那天镇上有人放鞭炮，母亲从床上挣扎着坐起来，听了很久，然后只说了一句话：“总算熬过来了。”她已经病得很重，连大声说话都喘不过气，但那一天她执意要下床，让梁思成扶着她，在屋子前面站了很久。
没有人知道她在想什么，也没有人问。
梁从诫晚年时，有一次接受访问，记者问他，你母亲留给你最深刻的东西是什么？
他沉默了很久，才说：她教会了我，人可以死，但不能弯。