海盗大多数都是些乌合之众，主要目的就是抢掠财物，只要目的达到，就会呼啸而去。而倭寇虽然也是从海上而来，却不同于一般的海盗。他们登陆之后通常要建立根据地，有时还会围攻城池，人数多时会达上万人。其成员也并非全都来自于日本，而是还混有中国东南沿海的小商贩、破产者、走私商人、亡命之徒等人。甚至中国人占其中的大多数，可以达到七成，而且还是高级头目。

由于明朝实行海禁政策，严禁民间对外海运通商，而海运贸易利润又很可观，于是，一些势力较大的走私商人便在近陆岛屿上指定了走私贸易的港口。而且，由于海上没有机构或组织能够解决贸易双方之间的各种纠纷，这些拥有较大势力的走私商人就以自己的海上武力为后盾充当了仲裁者。因此，他们便逐渐地被认为是海上的权威，成为海盗势力的首领。典型的代表就是汪直，他的势力其实就是一个拥有海上私人武装力量的走私集团，所谋求的最根本的其实是贸易利益！

不过，这些海盗首领声名远播，会和当地的乡绅互相勾结，甚至还进行联姻。他们有时会公然地在沿海地区修理船只，并且还勒令当地村民接受他们的传讯。很明显，这就是要将海上权威往陆地上发展，打造海上贸易的据点。虽然这还只是在萌芽阶段，但任由其生长发育，则必然就会威胁以自给自足的小农经济为基础的帝国根基。这无论是大明王朝的皇帝还是文官集团，都是无法容忍的。经济基础决定上层建筑，小农经济和海权贸易的矛盾在当时是无法调和的，冲突也就不可避免了！