日本发展核潜艇面临不少技术难点。虽说它有全球顶尖的潜艇造舰技术，大鲸级静音水平接近海洋背景噪声，还有民用核能基础，三菱重工在研发小型模块化反应堆，甚至持有约47吨分离钚，但军用艇用核反应堆技术完全空白是致命伤。自主攻关这一技术至少需要15 - 20年。
而且，核潜艇要实现长时间秘密军事行动，其核动力系统的稳定性、小型化、安全性，还有与潜艇整体的适配性等都是难题，日本要攻克这些难关，短期内基本不可能。