癞头和尚与跛足道人由一僧一道演化而来，一僧一道即大明二祖。和尚之头是“光明顶”，癞头寓意无明。跛，偏也，行不平也，照应“地陷东南”隐喻南明（难明）。
又隐藏了作者。石涛自号苦瓜和尚，苦瓜即癞瓜。石涛三岁出家全州湘山寺，“吾道清湘岂是男”，“潇湘妃子”其中隐写了石涛身世。所以，林黛玉三岁遇癞头和尚。
石涛出家却蓄有短发，因建大涤堂而向八大山人求画《大涤堂图》。在求画信中石涛说：“落款莫书和尚，济乃有发之人。”
石涛又自号“瞎蹲者”，寓意“复明”无望。贾雨村是“兴隆街的大爷”，其一隐喻是石涛一世祖、朱元璋大哥朱兴隆。贾又读作“古”，谐音为瞽愚蠢，瞽即“省”，是“少目”的意思。愚为心猿，大明建于戊申猴年亡于甲申猴年。蠢即驴，石涛二世祖朱文正小名驴儿。
“没毛驴，初生兔”八大山人也是顽石蠢物。癞头跣足，则有八大山人在临川发癫，步行回南昌的经历。汤显祖是临川人，与八大山人家是世交。所以，《石头记》中就以汤显祖的剧作隐写南明灭亡。驴（包括野驴雄奴）是蠢物，就出自《临川四梦·邯郸梦》。
八大山人自称弋阳王孙，书中的弋阳腔是其写照之一。