1950年，云南省主席的位置给了陈赓，没给和平起义的卢汉。陈赓私下把原因说给他听，卢汉沉默了很久，然后红着眼眶说：“这安排，我服气。”

1950年3月10日，政务院第二十三次会议通过云南省级人事任命。
3月17日，《人民日报》刊出名单：陈赓任云南省人民政府主席，卢汉任云南省军政委员会主任。

卢汉起义前担任的是国民党云南省政府主席。
三个月后，云南建立的是中央人民政府领导下的省人民政府。两个职务名称相近，任命来源和政权体系已经换了。

卢汉仍在云南省级领导机构中任职，行政接管和新政府则由陈赓这一套系统主持。

1949年12月9日，卢汉在昆明宣布起义，脱离国民党政权，同时成立云南人民临时军政委员会。他在通电中接受中央人民政府领导，并准备迎接人民解放军入滇接管。
两天后，毛主席、朱德复电卢汉，要求准备迎接解放军进驻，配合消灭继续抵抗的国民党军，保护国家财产，维持地方秩序，听候接收。

起义没有让云南全境立刻停止战斗。
国民党第8军、第26军仍向昆明方向行动，随后向滇南退却。解放军尚未进入昆明，卢汉的旧军政系统还在运转，中共云南地方组织和滇桂黔边纵队也有自己的组织、武装和活动区域。昆明需要维持日常运行，各支部队需要重新确定指挥关系，原有机关则等待接收。

陈赓这时已经在进军云南的路上。
早在1949年7月，中央军委部署西南作战时，就规定陈赓所率第四兵团三个军完成广西方向作战后进入昆明，以占领、经营云南为任务。那时卢汉还没有起义。

到12月11日，刘伯承、邓小平又命令第四兵团分批入滇。第四兵团的任务随战局从追歼国民党残军推进到进驻云南、接管昆明。

1950年1月，宋任穷主持制定《进入云南接管工作纲要》，1月24日经西南局批准。接管的对象、步骤和组织办法，在大军进入昆明以前已经开始具体准备。
滇南战役继续向南推进。2月19日，解放军进抵中缅边境打洛一带，战役结束。第二天，陈赓、宋任穷率部进入昆明，卢汉所部列队迎接。

省里的权力安排在他们进城以前已经开始商谈。
2月10日，宋任穷派人与卢汉商谈昆明市军管会以及即将成立的省人民政府、省军政委员会人选。2月24日，中共云南省委成立，宋任穷任第一书记，陈赓任第二书记。2月27日，省委第一次会议又形成关于军政会及省府组织问题的决议。

3月4日，昆明市军管会成立，陈赓任主任，统一办理军事、政治、经济、文化等管制事务。

军管会下设10个部委和4个处，工业、交通、文教、卫生、政务等接管工作随即展开。

到4月上旬，省级机关和昆明市已经接收原国民党地方机关及中央系统驻滇单位139个，接收军政、公教人员5.5万多人。3月15日，军管会又发布公告，接管全省各行政督察专员公署以及各县、市、设治局政权，到5月中旬基本完成。

3月24日，卢汉正式就任云南省军政委员会主任，原云南人民临时军政委员会同时撤销。新军政委员会由卢汉任主任，宋任穷、周保中任副主任，是云南解放初期设置的过渡性政权组织。起义军政人员的团结、改造和安置，也在这一阶段继续进行。

中央给云南确定的工作方针是“团结第一，工作第二”。卢汉进入新设军政委员会，省人民政府、军管会和省委则按照各自职掌展开工作。

绥远采用了另一种安排。
1949年绥远起义以后，董其武继续担任绥远省人民政府主席；云南则由陈赓主持省人民政府，卢汉主持军政委员会。

6月，云南省人民政府各部门机关开始筹建，共设45个行政职能部门。
6月16日，昆明市军管会停止处理政府日常工作，政务转由省人民政府主席、副主席会议处理。

一个月后，陈赓奉命赴越南，帮助越南人民进行抗法战争。陈赓离滇后，卢汉仍继续担任云南省军政委员会主任。

10月30日，云南省军政委员会和省人民政府委员会召开第一次全体委员会议，并举行就职典礼。卢汉继续主持军政委员会，省人民政府处理日常行政事务。

1952年9月10日，云南省军政委员会撤销，卢汉的主任职务随机构终止。