1940年4月，军委会技术研究室正式成立，刘家花园这座大院里面，接连爆发了三轮激烈的内部权力争斗。机构成立之初，蒋介石任命温毓庆当中将主任，毛庆祥、魏大铭做少将副主任。蒋介石心里打的算盘，是让毛庆祥兼任主任秘书，把实权抓在手里，用来牵制温毓庆和魏大铭两人。

可温毓庆后台很硬，他的妻子施惠珍，早年和宋美龄是同窗好友，当年蒋介石和宋美龄结婚时，还当过婚礼的女傧相。靠着这层夫人路线，再加上戴笠在一旁帮着说话，温毓庆占了上风，逼着蒋介石撤掉毛庆祥的主任秘书一职，把机构大权牢牢攥到自己手上，第一轮较量，温毓庆、戴笠这边大获全胜。

后来温毓庆受不了重庆酷热潮湿的天气，借着看病的名义先跑到香港，紧接着远走美国，再也没有回来，主任一职就由魏大铭代理。魏大铭上台之后，完全听从戴笠的安排，一心想把这个密码破译机构彻底军统化。他要求所有工作人员上交个人照片，归入军统编制，还准备监视温毓庆留下的老部下。

这套做法直接惹怒了技术人员，池步洲、霍实子等人带头罢工抗议。1940年12月，蒋介石下命令，军统人员必须全部从这里撤出。到1942年春，一百多名军统人员尽数退回军统局。毛庆祥再度回来担任代理主任，召回李直峰，设立专员室，提拔池步洲为主任专员。至此，军统势力彻底被赶出军委会技术研究室。