从看不见的污染到看得见污染。过量施加的化肥（尤其氮磷），并没有被庄稼吸收，而是通过多种渠道进入地下水和河流湖泊。进入地下水的部分导致水不能饮用，如果饮用就会导致大量病人出现；进入河流湖泊的部分则造成富营养化，导致水华（即藻类和浮游生物大量繁殖），造成水体缺氧，鱼虾受害。无论是人还是鱼虾，都是化学化农业的直接或间接受害者。