首先要纠正一个前提：并不是所有人都认为左宗棠评价更高，二者都是晚清中兴四大名臣，历史评价各有侧重，只是近现代以来，左宗棠的公众声望上升非常明显。
一、核心差别：功业方向不一样
曾国藩
他最大功绩：
组建湘军，平定太平天国，稳住晚清统治秩序；
倡导洋务，创办安庆内军械所，开启早期洋务；
留下《曾国藩家书》，以修身、治学、处世闻名后世。
他的历史争议点也很突出：镇压农民起义，还有处理天津教案时，对外妥协的处置方式，让后世很多人觉得他软弱。
左宗棠
他最震撼后世的大功，就是收复新疆。
19世纪70年代，阿古柏侵占新疆，沙俄占据伊犁，朝堂之上李鸿章主张海防优先，放弃塞防，把新疆视作贫瘠之地，建议放弃。
左宗棠力排众议，抬棺西征，率军收复新疆全境，之后又推动新疆建省，把新疆牢牢留在中国版图之内。这件事，是保住国土的巨大功绩，分量极重。
除此之外，左宗棠也办洋务：福州船政局、兰州织呢局，推动西北开发；中法战争期间，他主战，积极布防，态度强硬。
二、为什么大众更喜欢左宗棠
国土功绩，最容易被共情
保家卫国、收复国土，是最直观、最有民族大义的成就。守住百万平方公里的西北疆土，这件事在近代屈辱史里面，是少有的扬眉吐气的大胜，很容易获得极高的好感。
对外立场对比鲜明
晚清对外整体屡战屡败，李鸿章长期主持外交，签订大量不平等条约，背负巨大骂名；左宗棠一生对外强硬，反对一味退让，契合大众对民族风骨的期待。
人物气质不同
曾国藩偏内敛隐忍，讲究中庸、克己，是传统儒家士大夫的典范；左宗棠性格刚烈耿直，敢跟朝堂重臣争辩，敢扛重担，故事性更强。
三、客观来说，不能简单说谁更强
曾国藩：是体系搭建者，在乱世稳住全局，在治军、用人、修身、文化层面影响深远，是传统儒家最后的标杆人物。
左宗棠：是疆土守护者，最大历史贡献是捍卫国家领土完整。
一句话总结：
曾国藩胜在治世修身、维系大局；左宗棠胜在捍卫国土、民族气节。近现代评价天平向左宗棠倾斜，核心就是收复新疆这件大功，在民族叙事里拥有无可替代的分量。