死亡过程过于仓促：据包拯墓志铭记载，北宋嘉祐七年（1062年）五月十三日他突发疾病，宋仁宗特意派太医赐药，仅13天后便溘然长逝，此前他并无明确的重病记录，短时间内暴毙的反常过程，让民间和后世史学界很早就生出了“被毒杀”的猜想。
生前树敌过多埋下伏笔：包拯一生铁面无私，先后弹劾权贵近60人，从外戚张尧佐到当朝重臣都被他弹劾过，甚至当面直谏把唾沫星子喷到宋仁宗脸上，朝堂上积怨极深，不少人认为他的政敌完全有动机暗中加害，甚至有传言将矛头指向了赐药的宋仁宗。
考古检测留下的疑点：1973年包拯墓被发掘后，专家对其遗骨进行检测，发现砒霜的核心成分砷含量远低于常人，直接排除了急性砒霜中毒的可能，但遗骨中汞含量明显超标，既有人认为这是古代为了防止夏季长途运尸腐烂，在棺内放置朱砂做防腐留下的痕迹，也有观点认为这不能完全排除慢性汞中毒的可能，两种说法至今没有形成绝对定论，让这桩千年悬案始终存在讨论空间。